응용 관점에서 PAM은 사용자 인증을 위한 편리한 API다. PAM 모듈들은 일반적으로 응용에서 소유한 것 이상의 특권을 가지지 않는다. 그러므로 PAM이 동작하는 환경을 보호할 궁극적 책임을 응용에서 져야 한다.
잘못 (또는 악의적으로) 작성된 응용에서는 반환 값을 무시하는 것만으로 모든 Linux-PAM 모듈의 인증 메커니즘을 무력화할 수 있다. 특권과 서비스 접근을 인가하는 것은 응용의 일이자 책임이다. Linux-PAM 라이브러리는 사용자 인증을, 즉 사용자가 자칭하는 그 사람이 맞는지 확인하는 일을 맡을 뿐이다. Linux-PAM 라이브러리 함수의 문서에 나와 있는 모든 동작 방식에 대응할 수 있도록 주의를 기울여야 한다. 그렇게 하지 못하면 틀림없이 미래의 보안 침해로 이어지게 된다.