설정 파일 하나를 쓰는 것보다 더 유연하게 libpam을 구성하는 방식이 /etc/pam.d/ 디렉터리 내용을 통해 설정하는 방식이다. 이 경우 그 디렉터리를 채운 파일들의 이름이 (소문자) 서비스 이름과 같다. 즉 그 이름의 서비스에 대한 개별 설정 파일이 된다.

/etc/pam.d/ 내 파일의 문법은 /etc/pam.conf 파일과 비슷하며 다음 형식의 행들로 이뤄져 있다.

type  control  module-path  module-arguments
    

유일한 차이는 서비스 이름이 없다는 점이다. 물론 해당 설정 파일의 이름이 서비스 이름이다. 예를 들어 /etc/pam.d/login이 login 서비스에 대한 설정을 담고 있다.